Op het gebied van de verborgen anatomie van de levenskracht kan de filosofie van de Klassieke Homeopathie aangevuld worden met de uitgebreide kennis van de traditionele Chinese en Indiase geneeswijzen.
De endocriene klieren zijn verbonden met krachtcentra in de levenskracht, dit zijn de chakra’s. Deze centra nemen energie op of geven deze af in de dynamische interactie met de omgeving. Chakra’s zijn elementaire energiecentra die zich in het lichaam van de mens bevinden, ze hebben invloed op bepaalde lichaamsfuncties en emoties.
Elk van deze chakra’s verzorgt een bepaald gedeelte van het lichaam en transformeert daarbij de levensenergie in verschillende lagen of niveau’s van bewustzijn. De chakra’s besturen de persoonlijkheid zoals wij die kennen, ze vertegenwoordigen zowel de positieve als schaduwkanten.
Bij de mens liggen de hoofdchakra’s langs de ruggengraat, in totaal zijn het er zeven.
De chakra’s twee tot en met zes verschijnen zowel aan de voor als de achterzijde van het lichaam, waarbij de voorzijde het emotionele functioneren van de mens vertegenwoordigt en de achterzijde de wilsfunktie. De mentale functies zijn gesitueerd aan de bovenzijde van het lichaam.
Op het fysieke vlak corresponderen de chakra’s met zenuwknopen en de endocriene klieren.

De mens is te beschouwen als een drie-eenheid van Geest, Ziel en Lichaam. De ziel is als het ware ons geestelijk lichaam dat door toename van bewustzijn kan groeien. De geest is de daarbij vormende groeikracht.
Een mens is verbonden met de Universele essentie of deze wordt ook wel het 8^e chakra genoemd.
De betekenis van de archetypische energie vanuit dit collectieve niveau, kan worden opgespoord door de spirituele significantie (zevende chakra) en de projectie in de psyche (zesde chakra), om te zien hoe het de keuzes beïnvloedt (vijfde chakra) en de emotionele reacties oproept vanuit het hart (vierde chakra). 
Een dramatisch verschuiving vindt plaats als deze stroom van levenskracht de drie laagste chakra’s binnenkomt welke correspondeert met uitingen van het fysieke leven. Deze reacties zijn meer instinctief en niet primair gerichte op individuele groei.
Het DNA van het fysieke lichaam bevat als het ware de kernprocedures waarmee alle materiele functies van het lichaam kunnen worden opgebouwd of en bestuurd. Op dit constitutionele niveau zien we de negatieve meer materiele werking en gevolgen van de miasma’s, zoals Hahnemann deze classificeerde. 
Psora richt zich hierbij in eerste instantie op het ' individuele' niveau, 3^e chakra (Ego-identiteit). Sycosis heeft affiniteit met het 2^e chakra (Emotionele identiteit) en Syphilis vervolgens met het 1^e chakra (Fysieke identiteit).

De chakra’s symboliseren de zeven verschillende kwaliteiten van de schepping, levensvormen die hiërarchisch gezien, parallel lopen met onze niveau’s van bewustwording.
De eerste drie zijn de lichamelijke energiecentra, gerelateerd aan erfelijke of verworven (groeps)invloeden, de vierde is het persoonlijke energiecentrum, welke een overbruggingsfunctie heeft, de vijfde, zesde en zevende chakra’s zijn de geestelijke energiecentra.
Het energieveld of aura van een mens, is opgebouwd uit meerdere lagen. Samen vormen deze lagen één geheel.
Elke laag bevat zichzelf en de daar buiten gelegen lagen. Het fysieke lichaam heeft dus de hoogste dichtheid, want deze bevat alle lagen.
De eerste lagen dicht bij het fysieke lichaam (laag in frequentie) gaan voornamelijk over ons zelf in het hier en nu: de invloed van de kosmos op dit moment en onze emotionele- en mentale toestand. Deze 'gesteldheid' kan dus per moment veranderen.

Dit model geeft de eigenschappen van de verschillende niveaus van de levenskracht aan, waarop een homeopathisch middel voorgeschreven kan worden.
Er kunnen twee soorten invloeden naar voren komen: individuele karakteristieken en symptomen en niet-individuele, 'externe'  symptomen die gerelateerd zijn aan erfelijke of verworven invloeden.
Nu kunnen we voor beide groepen min of meer gelijktijdig een apart middel voorschrijven, maar de levenskracht reageert altijd als een ondeelbare eenheid. Dergelijke middelen vertegenwoordigen dus slechts een gedeeltelijk simillimum. 

Organon § 40: “Het kan tenslotte gebeuren, dat een nieuwe ziekte, na langdurige inwerking op het organisme, zich met de oude, die er niet op gelijkt, tot een ziektecomplex verenigt. Elk van beiden vindt haar eigen locatie in het organisme, nestelt zich in de voor haar meest passende organen en neemt a.h.w. de haar typisch toekomende plaats in. De rest laat ze over aan het andere ziektebeeld, dat niet op haar lijkt.”

Organon § 42: "De natuur laat zelf toe, zoals in § 40 al gezegd, dat in enkele gevallen twee (of zelfs drie) natuurlijke ziekten samen in een lichaam voorkomen. Maar let wel, deze complicatie treedt alleen op bij niet gelijkende ziekten, die elkaar volgens eeuwige natuurwetten, niet kunnen opheffen en evenmin vernietigen of genezen.
Blijkbaar verdelen ze zich in het organisme, iedere ziekte naar het haar passende lichaamsdeel of orgaansysteem, Omdat ze niet op elkaar lijken, kan dat zonder dat de eenheid van het leven wordt geschaad.

Hahnemann spreekt van de "eenheid van leven" er wordt één complexe ziekte gevormd. 

De huidige dominerende gesteldheid van de patiënt is individuele reactie op de cumulatieve ziekte-invloeden, welke uitgedrukt wordt via een bepaald niveau of laag van de levenskracht.
Het gaat bij dit voorschrift dus niet om een voorschrift op de 'persoon' of individuele (psora) symptomen, of om een voorschrift op het miasma met een nosode, maar om de algehele dynamische verandering in de patiënt, het ongemak als gevolg van het ziekzijn. Deze verandering is gekoppeld aan het dominerende miasma.
Dit betekent dat het benodigde middel tijdens de behandeling kan wijzigen, totdat het werkelijk individuele middel als gesteldheid uiteindelijk naar voren komt en hier op voorgeschreven kan worden.

Er is een directe relatie met de chakra’s en de verschillende lagen van de aura en innerlijke constitutie van de mens:

1. Etherisch (fysiek) lichaam
2. Emotioneel (fysiek) lichaam
3. Mentaal (fysiek) lichaam
4. Astraal (psychisch emotioneel) lichaam
5. Etherisch causale (etherisch spiritueel) lichaam
6. Celestiaal (emotioneel spiritueel) lichaam
7. Ketherisch-causale (mentaal spiritueel) lichaam


De belangrijkste endocriene klieren en daaraan gekoppelde chakra’s zijn:

1^e Chakra: Wortel, Stuit of basis chakra  
2^e Chakra: Heiligbeen, sacraal of milt chakra  
3^e Chakra: Zonnevlecht chakra of navelcentrum  
4^e Chakra: Hart chakra  
5^e Chakra: Keel of communicatie chakra 
6^e Chakra: Derde oog chakra  
7^e Chakra: Kruin of kroon chakra



Bijnieren  
1^e Chakra: Wortel, Stuit of basis chakra: Fysieke identiteit.
Psychische functie: Zekerheid, vaardigheden om te overleven, lichamelijke vitaliteit, creatieve expressie, verbondenheid met de aarde, materialisme, zelfverdediging.
Lichamelijk: Skelet, botten, bloed, celopbouw, wervelkolom, dikke darm, gebit.
Plaats: Uiteinde van de ruggengraat.
Kleur:  Rood.
Element:  Aarde.
Actie:  Ik ben, ik heb.
Kenmerken: Overlevingsinstincten, krachtdadigheid, vitaliteit, niveau van levensenergie.
De wortelchakra houdt verband met het zich thuis voelen en aanwezig zijn in situaties. De mate van aan de aarde verankerd zijn (benen, voeten). Als dit chakra open is voelt men zich gegrond, stabiel en veilig. Men is hierdoor aanwezig in het hier en nu. Het geeft een gevoel van veiligheid en zekerheid en de mogelijkheid om te kunnen omgaan met angst en agressie. Doorgaans starre gewoonten, zich thuis voelen. Hoe te manifesteren in het dagelijks leven. De dagelijkse behoeften. Het geeft realiteitszin, lichamelijke kracht en gezondheid. Basissituatie en structuur, maar ook: genen en erfelijke factoren of externe invloeden uit/ in het verleden.
Onderontwikkeld: Ontkoppeling van  het lichaam, zweverig, angstig en nerveus, onzeker, gebrek aan focus en discipline, te mager, gehaast.
Overontwikkeld: Materialisme, hebzucht, zwaarlijvigheid, traagheid, luiheid, moeheid, gefixeerd zijn op zekerheid.
Voorbeeldmiddelen: Arnica, Arsenicum, Gelsemium, Psorinum, Calcium carbonicum, Silicea.

Geslachtklieren (Testes of Ovaria)
2^e Chakra: Heiligbeen, sacraal of milt chakra: Emotionele identiteit.
Psychische functie: Verbondenheid, genieten, levensvreugde, emotioneel evenwicht, centrum van seksuele energie en emoties, gevoelens en scheppende kracht.
Lichamelijk: Geslachtsorganen, blaas, prostaat, baarmoeder, nieren, lymfestelsel, endeldarm, onderrug.
Onderbuik, geslachtsorganen, onderrug en heupen.
Kleur: Oranje.
Element: Water.
Actie: Ik voel.
Kenmerken: Emotie en seksualiteit. Plaats in de maatschappij of gemeenschap. Voortplanting, overleven van de soort heeft een relatie met seks en emotie. 
Als dit chakra open staat kan men de emoties vrij laten gaan en uiten zonder over-emotioneel te worden. Men staat open voor intimiteit, heeft  vertrouwen, is gepassioneerd en levendigen heeft fantasie en dromen . Weten wat men wil en een grote mate van zelfherkenning. 
Onderontwikkeld: Frigide, stijfjes, afgepast, gesloten, kan niet genieten, weinig sociale vaardigheden, gebrek aan verlangen, hartstocht en opwinding.
Overontwikkeld: Overgevoelig, te emotioneel reageren, seksverslaafd, dwangmatig gedrag, emotionele afhankelijkheid.
Voorbeeldmiddelen: Lac caninum, Sepia, Staphysagria, Thuja.

Alvleesklier of Pancreas  
3^e Chakra: Zonnevlecht chakra of navelcentrum: Ego-identiteit.
Psychische functie: Centrum van kracht en wijsheid, macht, zelfbewustheid, individualiteit, wilskracht, lagere emoties beïnvloed door verstand.
Lichamelijk: Spijsverteringsstelsel, spieren, pancreas, lever, milt, galblaas, nieren, maag en het middenrif (ademhaling).
Plaats:  Solar plexus.
Kleur: Geel.
Element: Vuur.
Actie: Ik kan, wil.
Kenmerken: Wilskracht en macht, het gedrag in de groep. Alle verteringsfuncties, de energie kan sterk uiteen lopen. Stress, spanning, wilskracht, gedrevenheid.  Analyseren en ordenen, overzicht. Verbruik van teveel energie en uiterlijke verschijningsvorm, overwinning. Vaardigheden, vakmanschap, ambities, denken, kennis, waarheid, valsheid, geestigheid en speelsheid. Relatie met anderen, gevoelens, emotionele banden.
Is dit chakra open dan heeft men genoeg zelfwaardering, kan spontaan reageren en heeft men zelfcontrole. Men kan vorm en richting aan het leven geven en emotionele betrekkingen hebben.
Onderontwikkeld: Weinig energie, passief, besluiteloos, weinig discipline, verlegen, weinig zelfvertrouwen en eigenwaarde, machteloosheid, gemakkelijk te manipuleren.
Overontwikkeld: Dominant, arrogant, machtshonger, sterke ambitie, prestatiegericht, agressief, overactief
Voorbeeldmiddelen: Cuprum metallicum, Lycopodium, Nux vomica, Sulphur.

 
Thymusklier of Zwezerik
4^e Chakra: Hart chakra; Sociale identiteit.
Psychische functie: Liefde en mededogen, afstemming, hogere emoties niet beïnvloed door het verstand.
Lichamelijk: Hart, borst, longen, vaatstelsel.
Plaats: Hart.
Kleur: Groen.
Element: Lucht.
Actie:  Ik bemin en word bemind.
Kenmerken: Dit chakra staat voor liefde, vriendelijkheid en affectie.
Het vinden van evenwicht tussen de onderste en bovenste Chakra’s. Het Hart-Chakra vertaalt en verdeelt alle indrukken. Het is het middelpunt van alle bewegingen, het  centrum van universele liefde. Vermogen van meegaandheid, kracht, begrip. Tijdsbesef gebaseerd op de hartslag. Vermogen om zelf of anderen te genezen. De wereld achter de uiterlijke verschijningsvorm. Hoe wil men gezien worden. In- en aanvoelend vermogen naar jezelf en de ander.
Evenwichtig zijn, opofferingsgezindheid, liefde, intuïtieve gevoelens, medeleven, vergeving, begrip, tederheid en hartelijkheid.
Als dit chakra open is ben je meelevend en vriendelijk en in staat harmonieuze relaties aan te gaan.
Onderontwikkeld: Verlegen, eenzaam, asociaal, weinig gevoel voor anderen, angst voor relaties en intimiteit, bitter, kritisch, depressief.
Overontwikkeld: Teveel op anderen gericht zijn, afhankelijk, bezitterig, veeleisend, jaloers, overdreven opofferend.
Voorbeeldmiddelen: Aurum, Ignatia, Natrium muriaticum, Lachesis, Syphilinum.

Schildklier en Bijschildklieren  
5^e Chakra: Keel of communicatie chakra: Creatieve identiteit.
Psychische functie: Communicatie, zelfexpressie, vormgeving, creativiteit.
Lichamelijk: Mond, keel, oren, stembanden, luchtpijp, slokdarm.
Plaats: Keel.
Kleur: Blauw.
Element: Ether/ Geluid.
Actie: Ik spreek en word gehoord.
Kenmerken: Je zelf uiten, kunnen zeggen wat er in je omgaat. Je kunt jezelf uitdrukken, letterlijk of op artistiek gebied. Liegen kan dit chakra afsluiten. Loslaten van tijdsbesef. Verwerken van gevoelens.  Overbrengen van tijd en ruimte. Creativiteit als scheppend vermogen. Communicatief, emotionaliteit, zelfexpressie, helderziend.  Iets onuitgesproken laten komt van de lagere Chakra’s (blokkering).  Innerlijke communicatie. Contacten met de buitenwereld.
Als dit chakra open is kan men zich openlijk en zonder vrees de gevoelens, gedachten en innerlijke inzichten uitdrukken. Men kan zich creatief uitten.
Onderontwikkeld: Angst om te spreken, zwakke stem, introversie, verlegenheid, moeite met verwoorden van gevoelens
Overontwikkeld: Teveel praten, praten als afweer, dominerende stem, kan niet luisteren.
Voorbeeldmiddelen: Argentum nitricum, Iodum, Mercurius, Tuberculinum.

Hypofyse en de Hypothalamus  
6^e Chakra: Derde oog chakra: Archetypische identiteit.
Psychische functie: Wijsheid, visualisatie, intuïtieve centrum, zetel van de wil en inzicht.
Lichamelijk: Ogen, oren, hersenen en bijholten, kleine hersenen.
Plaats: Voorhoofd, tussen de ogen.
Kleur: Indigo.
Element: Licht.
Actie: Ik zie.
Kenmerken: Inzicht en visualisatie. Centrum van onderbewustzijn. Denken, los van de realiteit, fantasieën. Innerlijk en uiterlijk gezichtsvermogen. Ontwikkeling van buitenzintuiglijke vermogens. Vermogen tot visualiseren. Wijsheid, creativiteit en energie. Initiatief, assertiviteit, uiterlijke abstractie, waarden en ideeën.
Innerlijke kennis en inzichten. Onderscheid in grenzen van het leven.
Als dit chakra open is heeft men een goede intuïtie, fantasie en voorstellingsvermogen. Er is hoge graad van bewustzijn, helder verstand en geestelijke  bezigheden. Alles in en met het lichaam wordt ervaren.
Onderontwikkeld:  Geen visie, geen inzicht, fantasieloos, slecht gezichtsvermogen, slecht geheugen, rechtlijnig, ongevoeligheid.
Overontwikkeld: Te veel in een fantasiewereld leven, kan nachtmerries, waanideeën, hallucinaties, concentratieproblemen veroorzaken.
Voorbeeldmiddelen: Anhalonium, Luna, Medorrhinum , de Lanthanides.

Epifyse of Pijnappelklier 
7^e Chakra: Kruin of kroon chakra, spiritualiteit, transcendentie, kosmische bewustzijn: Universele identiteit.
Psychische functie: Verbindt ons met het hogere Zelf
Lichamelijk: Schedeldak, hersenschors, zenuwstelsel, huid.
Plaats: Kruin.
Kleur: Paars/ wit.
Element: Kennis, informatie.
Actie: Ik weet.
Kenmerken: De kruin chakra staat voor wijsheid en één zijn met de wereld. Als deze chakra open is men onbevooroordeeld en zich bewust van zichzelf en de wereld om zich heen. Bewustwording van het hogere doel. Verbinding met de Bron van het leven. Het Wilgebied, binnenstromen van kosmische energie. 
Voorwaarde voor een goede werking is dat alle onderliggende chakra’s geopend zijn en in harmonie met elkaar functioneren.
Onderontwikkeld: Leerproblemen, niet open voor spiritualiteit, apathisch, starre overtuigingen.
Overontwikkeld: Overintellectueel, verwarring, spiritueel verslaafd, dissociatie van het lichaam. 
Voorbeeldmiddelen: Aqua marina, Cannabis-indica, Hydrogenium, Lac Delphinum.